L'isteroscopia diagnostica è indicata soprattutto in due casi: sanguinamento uterino anormale, soprattutto nel periodo perimenopausale, per evidenziarne la causa come iperplasia endometriale, polipo endometriale (vedi immagine a lato), mioma sottomucoso o carcinoma endometriale; infertilità, per ricercarne la causa come aderenze intrauterine o malformazioni uterine.

Una biopsia dell'endometrio, in pratica un prelievo di una piccola parte di mucosa per l'esame istologico, è sempre indicata.

L'isteroscopia operatoria, invece, trova applicazione alla presenza di: aderenze intrauterine; malformazioni uterine, come il setto uterino; polipi endometriali; fibromi uterini sottomucosi; corpi estranei intrauterini, come la spirale il cui filamento sia risalito all'interno della cavità uterina; sanguinamenti uterini anomali resistenti alla terapia medica (in tal caso si esegue l'ablazione dell'endometrio).